Résumé de l'histoire de Fire emblem 4

L'histoire de Genealogy of the holy war commence lorsque la paisible ville de Darna est envahis par les barbares du royaume d'Isaac. Le prince Kurth, père de Deirdre et le prince Vylon, père de Sigurd et d'Ethlin partent alors en guerre contre le royaume d'Isaac laissant Sigurd comme protecteur du château de Chalphy. Pendant ce temps, le royaume de Verdane dirigé par le prince Gandolf assiégea le château de Jungby, mit hors d'état de nuire  un cavalier archer du nom de Midayle qui tentait de protéger la princesse Aideen et enleva cette dernière jusqu'au royaume de Verdane afin qu'elle y épouse le prince Gandolf. Sigurd réagit immédiatement et parti avec Alec, Noish et Ardan en direction de Jungby projetant de libérer ensuite la princesse Aideen. Sigurd fut très vite rejoint par Azel et Lex du royaume de Velthomer puis par sa soeur Ethlin, son mari Cuan qui est donc également son beau-frère ainsi que par Finn, un cavalier de Lenster. Ensemble, ils reprirent le château de Jungby.

Quelques temps après, ils repartirent vers le royaume d'Evans, suivant les traces du prince Gandolf. En chemin vers Evans, Alvis, le prince de Velthomer et demi-frère d'Azel fit irruption afin de donner une épée en argent à Sigurd avant de repartir vers le royaume de Barhara. C'est ainsi que Sigurd et son armée conquirent ensuite le royaume d'Evans avant de se rendre compte qu'Aideen ne s'y trouvait plus.

Aideen ayant disparut du château d'Evans, Sigurd s'aventura dans les territoires de Verdane afin de retrouver le prince Gandolf et de le faire parler. Au même moment, le prince Kinbois menace Ayra de ne jamais lui rendre son neveu Shannan si elle ne coopère pas avec lui dans le combat contre l'armée de Sigurd. Plus tard dans la bataille, le prince Jamka, troisième et derniers fils du roi Batou de Verdane libèrera Aideen et un jeune voleur du nom de Dew de l'emprise de Gandolf mais refusera tout de même de combattre à leurs côtés, ne voulant pas s'opposer à son père. Malgré tout, le prince Gandolf se rendra assez vite compte de la disparition de ses deux prisonniers et enverra des troupes à leur recherche afin de les éliminer. Suite à cela, Sigurd prendra possession du château de Genoa qui était sous le contrôle de Kinbois, libérerant par la même occasion Shannan ce qui lui permettra de recruter Ayra si cette dernière est toujours vivante.

En réaction à la conquête du château de Genoa, Elliot un noble d'Agustria tentera de conquérir Evans et d'éliminer l'armée de Sigurd mais il sera vite mis hors d'état de nuire par le prince Eldigan de Nodion, permettant à Sigurd de conquérir sans problème Marpha sous la responsabilité de Gandolf.

Après avoir pris le château de Marpha, Sigurd rencontrera Deirdre, shamane de la forêt des esprits mais cette dernière s'enfuira après que Sigurd l'ai libérer d'un homme qui tentait de l'agresser. Au même moment, au château de Verdane, Sandima, un sorcier aux sombre desseins convainc le roi Batou d'envoyer son dernier fils défendre le château, ce qu'il fit contre son gré. Suite au départ, du prince Jamka, le roi Batou commence à avoir des doutes au sujet de Sandima mais il est déjà trop tard : Sandima lui inflige un coup mortel et prend le contrôle de Verdane avant que l'archevêque Manfroy lui explique qu'il a trouver l'un des descendants de Sigyn qui une fois marier à l'autre descendante de Sygin, leur permettrais de ressusciter le sombre dragon Loptous. Sigurd, en route pour le château de Verdane finira par retrouver Deirdre avant de lui déclarer sa flamme et de la rallié à son armée. Ensemble, ils reprendront Verdane aux mains de Sandima et assisteront à la mort du roi Batou.

Après la reprise du contrôle de Verdane, le royaume de Barhara chargea Sigurd et son armée de retourner à Evans où ce dernier se maria avec Deirdre. Quelques temps passèrent avant que le roi Imuka d'Austria ne meurt dans des circonstances étranges. S'en suivit le couronnement de l'aînée des princes d'Agustria, Shagall qui ordonna immédiatement à son armée d'attaquer celle de Sigurd. Eldigan parti donc vers le château d'Agustria afin de convaincre Shagall de cesser l'attaque malgré les avertissements de sa soeur Lachesis qui pense que le roi Imuka a en fait été éliminer par son fils pour qu'il puisse prendre le contrôle du royaume. Finalement, le nouveau roi Shagaal refuse la proposition d'Eldigan de stopper la guerre et envoi d'ailleurs ce dernier au donjon du château. Boldo et son fils Elliot d'Herein profite donc de l'absence d'Eldigan pour attaquer
le château de Nodion ou avait été laisser Lachesis. Sigurd apprenant cela décide donc de se lancer dans une nouvelle guerre contre, cette fois, le royaume d'Agustria. MacBeth, dirigeant du royaume d'Anphony, décide alors d'envoyer des bandits piller les villages voisins tandis que Clement, dirigeant du royaume de Mackily, préfère rester neutre pour le moment et garde ses soldats dans son château.

Sigurd reprendra finalement Herhein, recrutant au passage Holyn, le champion de l'arène d'Evans et Lachesis la princesse du royaume de Nodion. Suite à cela, il décidera d'éliminer les bandits d'Anphony, pillant toujours les villages voisins de leur château mais Shagall interviendra et MacBeth enverra les mercenaires de Voltz accompagnés de Beowolf à la poursuite de Sigurd. Au même moment, le barde Levyn et la danseuse Sylvia sortiront du village dans lequel ils se trouvaient afin de combattre les forces d'Anphony avant d'être recruter dans l'armée de Sigurd en même temps que le mercenaire Beowolf, qu'il devra payer pour la modeste somme de 10 000 pièces d'or. Tous, prendront ensuite le royaume d'Anphony au terrible MacBeth lorsque Filat de Barhara fera soudainement irruption pour avertir Sigurd qu'une rumeur lancé par le duc Reptor et le Seigneur Langobart circulerait à son sujet ainsi qu'à celui de Cuan et d'Eldigan. Cette rumeur prétendrait que ces trois là conspireraient contre le prince Kult qui viendrait de gagner, avec l'aide du père de Sigurd, le seigneur Vylon, la guerre contre le royaume d'Isaac.

Au même moment, Clement de Mackily prépara ses troupes à protéger le château, craignant d'être attaquer par Sigurd tandis que le roi Shagall convainc Fury que le prince Levyn à été capturer par l'armée de Sigurd. Levyn devra donc convaincre Fury de s'allier aux troupes de Sigurd avant que tous ne prennent le château de Mackily.

Shagall sentant sa fin approcher envoi ses derniers soldats au combat tandis qu'il demande conseil à Manfroy sur ce qu'il doit faire. Ce dernier lui rappelle qu'il lui a juste conseiller d'éliminer le roi Imuka et qu'il n'avait pas prévu que Shagall n'aille plus loin toutefois, il conseillera Shagall d'utiliser Eldigan contre Sigurd mais ce dernier n'appliquera pas de suite cet ultime solution. Un prêtre annoncera ensuite à Manfroy la mort du prince Kult avant de lui demander ce qu'il compte faire pour le prince Alvis. Manfroy révèle alors que le simple fait qu'Alvis possède le sang de Loptous et que si sa patrie l'apprenait, elle l'exécuterait, ait suffit à le convaincre de se joindre à la construction du nouvel empire de Loptous. Sigurd affrontera finalement Shagall dans le château d'Agustria mais Eldigan l'arrêtera juste avant qu'il ne porte un coup fatal à Shagall, le laissant s'enfuir par la même occasion.